La Palabra de Dios, contenida en el Antiguo y en el Nuevo Testamento, es la base de la fe de la Iglesia de Escocia. Otro de sus pilares es la Confesión de Fe de Westminster (1647), aunque, en este caso, se permite libertad de opinión «en todo lo que no afecte a lo esencial de la fe» (artículos 2 y 5).
No existe un libro de oraciones obligatorio, pero sí uno de himnos (cuya cuarta edición fue publicada en 2005). El Libro de Orden común contiene recomendaciones para el culto público, que son normalmente respetadas en los sacramentos y en la redacción de reglamentos.
El culto, que suele durar en torno a una hora, es conocid, en broma, como un sándwich de himnos y oraciones. La predicación es el punto clave de la mayoría de los oficios religiosos. Estos suelen culminar en un sermón de unos quince minutos casi al final de la celebración. Tradicionalmente, el culto se basaba en el canto de salmos; desde hace un tiempo éste ha sido complementado por música cristiana de todo tipo. En los últimos años, un compendio de libros de música moderna ha sido ampliamente utilizado. Además, algunas congregaciones han incorporado elementos de la Comunidad de Iona (fundada en 1938 por el reverendo George MacLeod, es una comunidad ecuménica cristiana que busca nuevas formas de vivir el Evangelio en el mundo actual). No obstante, no hay que olvidar que la celebración de los oficios religiosos está bajo la responsabilidad de un párroco, por lo que el estilo de los mismos puede variar de una parroquia a otra. Asimismo, la participación activa en los oficios religiosos por parte de los laicos se está volviendo más frecuente.
Al igual que otras confesiones protestantes, la Iglesia de Escocia únicamente reconoce dos sacramentos: bautismo (de hijos de familias creyentes o de adultos) y eucaristía. La eucaristía, al recordar simbólicamente La Última Cena, es considerada de gran relevancia. La práctica de la misma varía de una congregación a otra, pudiendo celebrarse una vez al mes en algunos casos.
A nivel teológico, la Iglesia de Escocia es una Iglesia Reformada (en particular, se inscribe dentro del calvinismo); por ello, forma parte de la Alianza Reformada Mundial. No obstante, cabe destacar su larga trayectoria en lo que al respecto de la «libertad de opinión en todo lo que no concierna a la esencia de la fe» se refiere. Esto significa que se muestra relativamente tolerante frente a las diversas posturas teológicas, agrupando así tanto a conservadores como a liberales en términos de doctrina, ética e interpretación de las Sagradas Escrituras (aludiendo a la división escocesa del siglo XIX entre evangelistas y moderados). En la práctica, este concepto también existe en la Iglesia de Inglaterra.
La Iglesia de Escocia es miembro de la ACTS (Action of Churches Together in Scotland, una organización ecuménica que reúne a las Iglesias de Escocia) y colabora estrechamente con otras confesiones en Escocia. Esta colaboración entre las distintas confesiones se opone totalmente al tradicional enfrentamiento que duró hasta comienzos del siglo XX, especialmente en contra de los inmigrantes católicos irlandeses.
